输入引物序列,算出长度、GC 含量与两种算法的 Tm,并检查 3′ 端 GC 夹、连续碱基、自身二聚体与发夹风险。
Wallace:Tm = 2(A+T) + 4(G+C)GC 法:Tm = 64.9 + 41(G+C−16.4)/NGC% = (G+C)/N × 100退火温度 ≈ Tm − 5 ℃只填 ACGT 碱基(自动转大写);长度建议 18~25 nt。
| 指标 | 建议 |
|---|---|
| 长度 | 18~25 nt |
| GC 含量 | 40%~60% |
| Tm | 55~65 ℃,上下游相差 ≤5 ℃ |
| 3′ 端 | 避免连续 3 个 G/C,避免自身互补 |
Tm 是 50% 双链解链的温度。Wallace 规则只适合 14 nt 以下的短引物;长引物用 GC 法(Marmur 公式)更准。真实 Tm 还受盐浓度影响。
设计时上下游引物 Tm 尽量接近(差 ≤5 ℃),退火温度一般取 Tm 减 5 ℃,再根据实际扩增效果微调。
正常。短引物用 Wallace,长引物以 GC 法为准,二者本就适用不同长度范围。
常规 PCR 55~65 ℃。太高影响结合,太低易非特异。
高精度设计需要(如 SantaLucia 法),本工具提供常用近似值,足够常规实验。
不能完全替代。工具只做简单互补扫描,正式设计仍建议用 Primer3 等软件。