分子实验 · 引物设计

PCR 引物 Tm 计算 · GC 含量与 Tm 一起看

输入引物序列,算出长度、GC 含量与两种算法的 Tm,并检查 3′ 端 GC 夹、连续碱基、自身二聚体与发夹风险。

Wallace:Tm = 2(A+T) + 4(G+C)GC 法:Tm = 64.9 + 41(G+C−16.4)/NGC% = (G+C)/N × 100退火温度 ≈ Tm − 5 ℃
引物序列5′ → 3′

只填 ACGT 碱基(自动转大写);长度建议 18~25 nt。

AI 讲解需人机验证
算法会算,AI 会讲为什么
计算结果等待输入
Tm
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长度
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GC 含量
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Tm(GC 法)
—
风险提示
—
计算过程
  1. 填入数据后点「计算」,这里给出代入过程。
引物设计要点
指标建议
长度18~25 nt
GC 含量40%~60%
Tm55~65 ℃,上下游相差 ≤5 ℃
3′ 端避免连续 3 个 G/C,避免自身互补

Tm 不是唯一标准

Tm 是 50% 双链解链的温度。Wallace 规则只适合 14 nt 以下的短引物;长引物用 GC 法(Marmur 公式)更准。真实 Tm 还受盐浓度影响。

设计时上下游引物 Tm 尽量接近(差 ≤5 ℃),退火温度一般取 Tm 减 5 ℃,再根据实际扩增效果微调。

四个风险信号

  • 3′ 端连续 3 个以上 G/C,易非特异扩增
  • 自身互补形成二聚体,消耗引物
  • 发夹结构(茎 ≥4 bp)影响结合
  • 连续 4 个以上相同碱基,易滑动错配

常见问题

两种 Tm 差很多正常吗?

正常。短引物用 Wallace,长引物以 GC 法为准,二者本就适用不同长度范围。

Tm 多少最合适?

常规 PCR 55~65 ℃。太高影响结合,太低易非特异。

需要算盐浓度校正吗?

高精度设计需要(如 SantaLucia 法),本工具提供常用近似值,足够常规实验。

二聚体检查能替代软件吗?

不能完全替代。工具只做简单互补扫描,正式设计仍建议用 Primer3 等软件。

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