慢羊羊村长那头老蜗牛，最近咳得跟拉风箱似的，壳都快裂成拼图了。村长急得抓耳挠腮，最后拍大腿：“要不，我亲自进去一趟？”话音刚落，小羊们集体举手：“村长您歇着，我们上！”于是喜羊羊、沸羊羊、懒洋洋、美羊羊四个“志愿兵”被塞进蜗牛触角，像四颗被弹射的跳跳糖，瞬间冲进了微观世界。
触角迷宫：从征兵处到战场前线
刚落地就撞上白菌士兵，穿着荧光绿制服，拿着放大镜扫脸：“新兵？登记！编号！体检！签军令状！”喜羊羊一边被按头签字，一边嘀咕：“这哪是打仗，这是入职流程吧。”还没缓过劲，白牛国国王披着发光鳞片登场，宣布黑牛国发动突袭——说好听点是战争，说难听点就是两拨细菌在内裤里打架。
喜羊羊刚领了发报机，准备喊“村长我到了”，突然发现对面黑牛国统帅，竟是灰太狼！他正戴着骷髅头盔，脚踩拖把，指挥一群会喷酸液的黑毛军团。更离谱的是，黑牛国用了新型武器——能溶解细胞壁的“泡菜炮”，打得白牛军节节败退，连指挥官都开始怀疑人生。
漩涡黑森林：通讯器丢了，但脑子还在
为联系村长，喜羊羊孤身穿越“漩涡黑森林”——一片由腐烂粘液构成的迷雾区，走一步陷一脚，树根都是活的，还爱讲冷笑话。途中碰上黄牛蛮族，这群家伙浑身长刺，说话带回音，一开口就震碎三块细胞板。战斗中，通讯器被一根飞来的鼻涕虫叼走，喜羊羊只能靠记忆里的村长语音包硬撑。
结果更炸裂：黄牛蛮族大王竟和灰太狼联手，用一个叫“控制中枢”的玩意儿，把两军细菌全变成饲料——“今天吃谁，明天吃谁，看我心情。”原来他们不是敌人，是养殖场老板，而整个蜗牛身体，就是他们的“微生物牧场”。
终局：不是吃羊毛，是吃教训
黄牛大军压境，两军残兵败将挤在一块，眼看就要被榨干成营养膏。喜羊羊抄起半截生锈的牙刷当武器，冲进敌阵，一通乱舞，把控制中枢砸了个稀巴烂。灰太狼当场被黄牛大王吞掉，临死前只来得及喊一句：“我……我其实想开个宠物店……”
最终，喜羊羊救出被关在发酵罐里的小灰灰，看着那张哭花的小脸，叹了口气：“你爸虽然坏，但没真想吃羊毛。”灰太狼的魂魄飘出来，默默立誓：“从此以后，只吃火锅底料，绝不碰羊毛。”
